После трагмческой смерти святого благоверного великого князя Андрея его загородный Боголюбовский замок был разграблен заговорщиками, а спустя три дня подвергся разорению от набега рязанского князя Глеба. Но вскоре был отстроен усердием младшего брата князя Андрея и его преемником на Владимирском княжении князем Всеволодом III Большое Гнездо. Обитель, устроенная по повелению Пресвятой Богородицы, продолжала существовать. Великий князь Всеволод обеспечил иноков всем необходимым для жизни, закрепил за  обителью земли и села, пожертвованный еще ее устроителем князем Андреем Боголюбским.

Первым игуменом монастыря стал некий Сергий, назначенный князем Андреем, но в его отпевании он по каким-то обстоятельствам не участвовал. Некоторые преполагают, что он либо уже скончался или находился в отлучке по монастырским делам.

В 1214 году в Боголюбовском монастыре пребывал на покое Ростовский епископ Иоанн, где принял постриг в схиму и, спустя некоторое время скончался в 1214 или 1215 году. Святитель был погребен в монастыре возле церкви Рождества Пресвятой Богородицы "вместе с прочией братией".

Во время татаро-монгольского нашествия хана Батыя в 1238 году Боголюбовский монастырь юыл опустошен и разграблен. Только чудотворный образ Боголюбивой Божией Матери остался цел и невредим.

Несмотря на сильное разорение обитель была восстановлена. В 1263 году монастырь встречал тело неожиданно умершего в Городце святого благоверного князя Александра Невского вместе с митрополитом Киевским и всея Руси Кириллом II.

В 1293 году обмтель вновь пострадала от набега татар. В 1364 году в монастыре до 1374 году пребывал на покое Суздальский епископ Иоанн. После его бдаженной кончины тело святителя было перенесено в Суздаль и погребено в соборном храме Рождества Пресвятой Богородицы.

В 1392 году Боголюбовский монастырь вместе с Москвой, Владимиром и другими городами бвл разгромлен войском хана Тохтамыша.

 В 1607 - 1672 гг. Боголюбовская обитель в очередной раз был разорен поляками и литовцами.

В 1722 году рухнул древний храм монастыря, построенный еще Андреем Боголюбским в 1157 году. Мощность  удара падения стен была такова, что люди, находившиеся на территории обители, не устояли на ногах и попадали на землю.

Падение и разрушение храма произошло по вине игумена Ипполита, который приказал расчесать щеливидные окошечки для большей светлости и притока возжуха. Однако своды дали трещины, площадь опоры за счет огромных оконных проемов уменьшилась, своды начали проседать, трещины в них увеличиваться, и, спустя четверть века после перестройки, храм рухнул. Восстановили храм к 1751 году. Причем, по периметру стен, на сколько было возможно, была сохранена белокаменная кладка и древние профили порталов. Размеры, соотношений пропорций, высота храма были также максимально приблежены к размерам древнего храма. Даже стены до середины были выложены из белого камня, но поскольку секреты строительства белокаменных храмов были утрачены, для надежности скрепляли между собой коваными скобами, а верхнюю часть храма сделали все из кирпича.

Завершение работ по реставрации Богородице-Рождественского собора было отмечено торжественным Крестным Ходом и освящением храма Преосвященным Платоном епископо Владимирским.

 При императрице Екатерине II Боголюбский монастырь был определен в третий класс, а по указу 1764 года монастырские имения и вотчины отобраны в государственную казну.

В сентябре 1771 года во Владимире и его окрестностях началась эпидемия чумы и по просьбе местных жителей древняя Боголюбская икона Божией Матери была внесена в город с крестным ходом, после чего эпидемия тотчас прекратилась. С этого времени были организованы ежегодные крестные хода с Боголюбской иконой из Боголюбского монастыря, а накануне празднования этого чудотворного образа 1 июля крестным ходом переносили из Владимира в Боголюбово.

 С 1855 по 1866 год шло строительство нового соборного храма в честь Боголюбской иконы Божией Матери. Архитектором данного строительства был Константин Тонн, строитель Храма Христа Спасителя в Москве. 20 мая 1866 года храм освятил Епскоп Владимирский и Суздальский Феофан /Говоров/, будущий Вышенский затворник.

В 1923 году Боголюбский монастырь был закрыт и в нем был размещен приемник-распределитель беспризорных детей при отделе просвещения Московско-Курской железной дороги.

В 1929 году большой монастырский собор в честь Боголюбской иконы Божией Матери бвл приспособлен под склад зерна. В древнем Богородице-Рождественчком монастыре с 1936 года бвл открыт мкзей.

Возрождение обители началось с 1991 года. Внастоящее время Боголюбский монастырь является действующим.